長期コンサルティング契約のような場合、その方の身元を確認せず契約していますか？

？きちんと身元を明かして連絡先も確かで謄本と二期分の決算書を提出してくれてNDAも交わせる相手と契約すればよいのでは。選択肢が無いとすればそれは貴方の問題です。

私は個人事業主として開発を請負っています。

制作側として、お客様から要望があれば、戸籍謄本や印鑑証明の添付もしています。
応募にも住所氏名電話番号は明記しています。

仕事を請け負うも、発注するも、最悪の事態には訴訟ということを念頭に置かなければなりません。
身元を明かせない人を、相手にする理由は無いはずです。

身元を開かせない人に発注しようかと迷う事が変ですよ。
そういう考え方をしている時点で「こいつなら騙せる」と思われているんじゃないですかね。

また、コンサルを雇う時点でNGだと思います。
コンサルというのは、ハッタリですので。

想像ですが、あなたに、騙せそうと思われる要因があるのだと思います。

クライアント側もベンダー側も「ここでの本人確認」
をしている相手を選ぶか、していないならしてもらってから
取引をはじめるのが利口だと思います。

さらに個人事業主であっても、ホームページなどがあればさらに良いでしょう。
身元確認がとれているなら、ここの利用規約の範囲内での対応は法的に可能でしょう。

と言っても基本的に顧客折衝は当時者同士で行う事になると思います。

当時者同士で解決出来ない場合は下記の3択になりますが、当然それ相応のお金がかかります。
1) 弁護士を通した示談折衝
2) 調停
3) 裁判

事前にそうならないような相手であることを十分に確認してから取引をされるのを勧めます
逆に身分を明かせない業者との取引はお勧めしません。
やましい事をしてないなら、普通に名刺交換程度の公開はできると思います。
例え個人事業主でもです。

ここは問題解決も自力で対応する必要があるので、そこは相手をよく確認して取引した方が良いと思います

極論ですが、ここでのトラブル対応に訴訟裁判を含めて検討しているなら
取引先の相手の所在は必須です。

民事訴訟
http://elaws.e-gov.go.jp/search/elawsSearch/elaws_search/lsg0500/detail?lawId=408AC0000000109

刑事訴訟
http://elaws.e-gov.go.jp/search/elawsSearch/elaws_search/lsg0500/detail?lawId=323AC0000000131_20180601_428AC0000000054&openerCode=1

裁判手続の流れ
http://www.moj.go.jp/shoumu/shoumukouhou/shoumu01_00022.html

裁判手続
http://www.courts.go.jp/saiban/tetuzuki/index.html

裁判手続の案内
http://www.courts.go.jp/saiban/

前文通り、訴訟は無料ではないので取引前に相手をよく確認して
トラブルが発生しても顧客折衝で解決できる相手を選別して取引をするほうが利口です。
絶対ではありませんがトラブルになってから慌てても後の祭りになる可能性も十分にありますから。
ここでの取引はあくまで自己責任になります。

私はフリーランスのエンジニアですが、名刺には普通に住所を記載していますし、独自ドメインのメアドを利用しています。

クラウドソーシングのみのワンショットの少額な仕事であれば、あまり身元は明かしたくはないですが、長期、比較的高額な案件ということであれば実際に一度はお会いしてやり取りするようにしています。
普通かどうかはわかりませんが、クラウドソーシングというネットだけの取引だと、そういうこともあるのかもしれません。

印鑑証明だの謄本だの住民票だのは少し抵抗があるかもしれませんので、一案としては、契約書やNDAを結ぶのが良いかと思います。普通は住所を記載しますし。
クラウドワークス上の仕組みにもたしかあったと思うし、個別でやり取りしてもよいかと思います。