機密事項について

基本的には、機密保持契約（NDA）を締結し、知りえた情報を他に開示しないことを約させることが必要です。
また、同時に請負契約を締結し、特に、成果物の著作権の扱い【著作権の譲渡（特に著作権法27条、28条の明記）、著作者人格権の不行使など】を明確にすることです。
サンプルなどを利用して両方の契約書のテンプレートをお持ちになられたらいいかと思います。

以上、簡単には書きましたが、ご参考になりましたら幸甚です。

こんにちは、

プロジェクトによる個別発注であれば、当システム内にてProject_workさんがご指摘のNDAが簡単に締結できます。

公開のコンペではそもそも公開となりますので、機密になりえませんし、サービスが続く限り公開されますし、登録された段階で情報インターネット上の各種サービスへとプッシュされます。

すみません、脱字訂正と追記となります。

誤：情報インターネット上
正；情報はインターネット上

2問目のご質問はプロジェクト形式かコンペによるかでも変わると思うのですが、
コンペでも採用に至った場合はNDAが締結出来ます。