秘密保持契約について

まず、利用規約を一読される方が良いと思います。
https://crowdworks.jp/pages/agreement.html

機密保護の取り扱いに関しましては「第17条」に規定されています。
利用者は利用規約に同意した事になっていると思いますので下記の内容で問題がなければ有効だと思います。

第17条 　秘密情報の取り扱い
1. 利用者は、本サービスを通じて会員間で連絡を取り合う場合及び弊社から会員に対して連絡を行う場合 、相手方から開示された情報については、

「秘密として保持し、事前に当該相手方の書面による承諾を得ることなく、第三者への開示又は漏洩をしてはならず、また、本サービスの利用及び本サービスに基づき成立した業務委託委託契約の履行の目的以外で使用しないものとします。」

2. 次の各号に定める情報は、秘密情報から除外します。
(1) 開示者から開示を受ける前に、被開示者が正当に保有していたことを証明できる情報。
(2) 開示者から開示を受ける前に、公知となっていた情報。
(3) 開示者から開示を受けた後に、被開示者の責に帰すべからざる事由により公知となった情報。
(4) 被開示者が、正当な権限を有する第三者から秘密保持義務を負うことなく正当に入手した情報。
(5) 被開示者が、開示された情報によらず独自に開発した情報。
3. 利用者が本条第１項の規定に違反したことにより会員その他の第三者との間で紛争が生じたとしても、弊社は一切の責任を負わないものとし、利用者の責任と費用でこれを解決するものとします。

パートナー制度
https://crowdworks.secure.force.com/faq/articles/FAQ/10169/?q=パートナー&l=ja&fs=Search&pn=1&id=kA010000000UKC9&url=10169

>この辺の問題をクリアできるのか、まだ分からない状況です。
>大変申し訳ないのですが、ご相談に乗っていただけると助かります。

利用契約は上記に記載されている通りだと思います。
パートナー制度については、「事前に秘密保持契約（NDA）を結んだ人」と契約ができる。　ということです。
厳守するかどうかは、補償の範囲ではないと思いますが「了承した」という形式は取れるという事だと思います。

個人的な見解ですが！

同意書が欲しいならFAXでやり取りすれば良いような気がします。
最近では複合機が普及していますから。

募集時にその旨を掲載しておいて、事前に同意してもらう必要はあると思いますが！

パートナー限定のお仕事
として募集されている案件は内容が非表示になっているようですから、それで要件は満たされるようですよ。