契約金の入力の仕方について

「システム料込」「システム料別」という記述はありませんか。

なければそのままで良いと思います。
システム料を上乗せして入力することもできますが、その場合はクライアントさんとコンタクトを取ったほうが印象は良いと思います。

ただ、クライアントさんによる部分もありますので、分からないときはクライアントさんに直接尋ねてみるのが一番です。