ソースコード受け渡しのタイミング

>>> 発注して自分でサーバーを用意してそこで運用する場合ですが、
>>> 開発してから自分のサーバーに納品でしょうか？
決まりがあるわけではありませんので、ケースバイケースです。

>>> それから保守や点検は自分のサーバーの番号のような何かを開発者に教えて、
>>> ログインしていじってもらう、という感じでしょうか？
請負業者と保守契約を集結されるのであれば、保守契約の内容に従う事になります。

>>> それとも自分のサーバーに最初から招き入れてから開発でしょうか？その場合、
>>> 自分のサーバー内の触ってほしくない領域があった場合はどうしたらいいでしょうか？
>>> 開発者を手を切りたい場合、自分のサーバーの番号のようなものを変更する、みたいな事なんでしょうか？

上文通り、ケースバイケースです。　基本的に単体テストまでは端末でテストと言うのが一般的です。
何の言語で開発依頼をされるのか？　もわかりませんが！
コンパイラ言語での開発の場合は、デプロイまで完了した物を納品するのが普通です。
JAVAならJRAファイルとかC言語なら.EXEとかです。

Sourceで納品を希望しているのであれば、RedmineとGitのようなツールをServerに実装するのが一般的
だと思います。

SourceはGitなどのVersion管理ソフトで管理され、開発者のアカウントも同様に管理されます。
納品が全て完了しているのであれば、そのアカウントを削除すればよいだけです。

受入環境をどうするのか？　は御社で決める事です。
一般的には、いきなり「本番機」を提供するような事はしません。
御社の中でそういう環境を構築するのであれば「開発・検収用の専用Serverを構築」して
そこで作業をするのが一般的です。
受入検証作業が全て完了してから、本番機に移行するのが一般的ですが。

そこは予算などと相談して検討されればよいのではないでしょうか？

特に慣習というものはなく、契約時にどうするかという決め事だけの問題です。

お互いに楽な方法は、クライアントで新規にサーバーを借りて設定してもらい、納品後にクライアント側でパスワードを変えてアクセスできなくする方法かと思います。※ただバックドアを仕掛けられる可能性はありますが…

保守などもしてもらうということであれば、root権限がなければ無理ですので、信用できる相手を見つけるしかないと思います。サーバー自体、受注側で契約、管理して、管理料、利用料を支払うというやり方もあります。
どういった方法にせよ、秘密保持契約書など、ちゃんと契約を交わす必要があるかと思います。

共有サーバーであれば、サーバーのOS自体の設定は不要なので比較的楽だと思います。

どうしても見られたくないということであれば、インストール方法などのマニュアルを作ってもらい、ご自分で設定するしかないと思います。

補足しておきますと、
Linux,BSD UNIXなどでPHP7などを利用した開発の場合は
Redmine,Gitなどでプロジェクト管理をするのが一般的ですが

Windows Serverと.NETなどを利用した開発の場合は
MS Projectなどが一般的です。

本番機と同等の開発・検証機に上記のような管理ソフトを
実装してプロジェクトを推進するのが安全でしょう。

VPS Serverなどをレンタルされているのであれば、
開発期間中はもう一台レンタルされるのも手だと思います。

Windows系だとMicrosoft Azureなどを上手に使うと良いかも知れません。
https://azure.microsoft.com/ja-jp/?WT.srch=1&wt.mc_id=AID529441_SEM_RaQCQvPm

そこは要件に応じてケースバイケースで検討されれば良いでしょう。