パンフレットに使用の写真やイラスト費用について

>>> 高解像度の写真やイラストを入手（または描き起こす）すると費用が掛かります。
>>>その費用も契約金額には含まれていると考えるべきなのでしょうか？
>>>それとも「契約金額」はあくまでデザインのみの費用で、写真やイラストなどの>>>素材費用は別途になると考えておいてよいのでしょうか？

クライアントにちゃんと諸事情・詳細説明をして了承を得ていれば別途請求も可能でしょう。（契約書にその旨が明記されていれば、裁判等々でも立証できます）

そうでないなら「総額」として理解されるでしょう。
つまり、別途追加請求は認められないでしょう。

もう少し厳格に言えば「ユーザー側が知っていたかどうか？」も焦点になります。
前文通り「諸事情・詳細説明」しユーザーがそれを理解していた場合。

このような場合、裁判官がなにを重視するか？

東京地方裁判所の判例から判断するなら
「当初"見積書"に記載された以上の費用を要求することを認識していたことが明らかであるにも関わらず、（中略）本件契約の続行自体については一切疑問や懸念を述べることなく作業を続行している。」

つまり、「知っていたのならクライアントはちゃんと止めるようにすればいいんじゃないの？」と言う見解をしています。

契約でベンダー企業である貴方がちゃんと諸事情・詳細説明をして了承を得ていれば契約上の成立を認められ追加の部分は別途請求も可能だと思われます。

契約手続きなどでやるべきことをやっていないなら「総額」と理解されてもしかたないでしょう。
（貴方が主張する細かい諸事情をクライアントが予め理解していると裁判官は判断しないと思います。）

画像など素材は、撮影しても制作しても、制作費に含まれると思います。

素材を購入する場合は、契約前にどうするかを話し合って決めておくことが必須です。