PNG保存について

umekaさんが主にされているロゴデザインの仕事を前提とします。
納品形式がJPG、PNGが指定されている場合のあくまでも私のやり方ですが。
1.　イラストレータのA4のアートボードに収まるサイズでデザインします。
2.　背景なしの状態で、フォーマットPhotoshop(PSD)、カラーモードRGB（またはグレースケール）、高解像度(300ppi）、アンチエイリアスあり、で「書き出し」ます。
3.　それをフォトショップで開き、「カンバスサイズ」「切り抜きツール」を使って適度な余白とキリの良いピクセルサイズに整えます。
4.　白（反転用ロゴの場合は黒）の背景レイヤーを作り、原本として保存しておきます。
5.　JPGの場合は最高画質で「別名で保存」、PNGは背景を付けずに「別名で保存」。
※ここでは「Web用に保存」は使いません。レイヤーを残したりの自由度がないのと、色域が少なくなる気がして。

JPGは圧縮率は高いですが再保存の度に画像が劣化していくので、最終書き出しで選ぶフォーマットです。
GIFは劣化せず、データも軽いですが、最大256色しか使えず、色数の多い画像には向きません。逆に色数の少ない画像はきれいでデータも極めて軽くできるので通信速度の遅い時代には重宝されましたが、今後は使われなくなるようです。
PNG-8はGIFの256色と同等で代替となるフォーマットですが、どちらも透明度の階調が付けられないので使う場所（背景）が限定されます。（透明部分がなく、色数が少ないものには有効）
PNG(-24)はフルカラーとなり、透明度にも階調が使えるので万能となります。

参考になれば。