公開データを用いたシングルセルRNA-seq解析その他（システム開発）の仕事の依頼

4.9 (38件のレビュー) 本人確認未提出発注ルールチェック済み

クラウドワークスで発注するにあたり、必要な知識・ルールを確認するためのチェックテストです。
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仕事の概要

固定報酬制	100,000円〜 300,000円
納品完了日	-
掲載日	2022年07月28日
応募期限	2022年08月04日

応募状況

応募した人	3 人
契約した人	1 人
募集人数	1 人
気になる！リスト	3 人

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仕事の詳細

【概要】
公開データを用いたシングルセルRNA-seq解析

【依頼内容】

・対象の公開データ
　→ GSM4274191、GSM4274192、GSM4274193、GSM4331822、GSM4331825、GSM4850584

・解析方針
　○ 上記データを Seurat Object に変換
　○ クオリティコントロール
　○ 正規化
　○ サンプルごとに次元削減 (PCA、tSNE、UMAP)
　○ PCA-based クラスタリング (resolution 3パターン程度)
　○ 論文ごとにサンプル統合 (Seurat IntegrateData)
　○ 次元削減 (PCA、tSNE、UMAP)
　○ PCA-based クラスタリング (resolution 3パターン程度)
　○ 細胞集団に含まれている細胞種について、そのマーカー遺伝子の調査
　○ マーカー遺伝子を用いた細胞種分類 (DotPlot、FeaturePlot)
　○ 細胞種の違いを最も明確に反映できている resolution の選別
　○ 各クラスタで特徴的な発現遺伝子の同定 (Seurat FIndAllMarkers)
　○ ヒトサンプルどうしを統合 (Seurat IntegrateData および harmony の2パターン)
　○ 統合データについて次元削減・クラスタリング (同上)
　○ マーカー遺伝子を用いた細胞種分類

・納品物
　● 上記出力結果 (PDF または CSV)
　● 各解析段階ごとの Seurat Object
　● 上記の解析手法（コマンドやスクリプト）の記録
　● サンプル統合 (Seurat IntegrateData および harmony) の実行時間と使用メモリの情報
　● 上記解析環境を含むDockerfile

【納期】
9月9日(金)

【契約金額(税抜) 】
20万円くらいで見積もりをお願いします。

【重視する点・開発経験】
これまでの類似の解析のご経験

【応募方法】
・簡単な自己紹介や実績、ポートフォリオをご提示ください。
・条件提示にてお見積もり金額を入力してください。

ご質問がありましたら、気軽にお問い合わせください。
応募をお待ちしております！

クライアント情報

◆バイオデータによる価値創造を可能にする◆

病気のなりやすさや寿命を決めるのは、「遺伝」と「環境」の２つの要素だということを聞いたことがありますか？
アメリエフはこれまで、すべての生き物が持っている「遺伝子」にフォーカスし、生命の法則・原理を探求する研究者や医療従事者を「データ解析のプロフェッショナル」として支援してきました。
2022年にヘルスケアグループに加わり、個別化医療・創薬を中心とした社会課題に取り組み価値創造するシステム開発事業とコンサルティング事業の拡大を目指しています。
創薬・ヘルスケアなど、様々なデータを活用し、他にはない業務を経験できる会社です。

【事業内容】
医療・バイオ研究のデータ解析及びコンサルティング
情報解析システム及びデータベースの設計・開発・保守
情報解析技術の導入支援・教育・コンサルティング
医療情報のデータマイニング及びシステム開発

【設立】
2010年3月8日（2009年7月1日創業）

【会社の沿革】
2013年01月…京都大学iPS細胞研究所と共同研究契約締結
2018年04月…東京大学との共同研究を開始
2018年09月…日本マイクロソフトとヘルスケアクラウド賛同パートナーとして連携
2021年09月…ヘルスケア企業のPHCホールディングス（プライム市場）のグループ会社となる

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