著作権譲渡しない場合の二次利用などの契約について

はじめまして。
わたしはイラストレーターではなくライターですが、似たようなことが時々ありますのでご参考になれば。
雑誌記事などでは二次使用時（ムックや単行本に収録されるとか、webに掲載するとか）には、出版社規定の二次使用料が支払われることが多いですが、最初に全部コミみたいな契約を結ぶこともあります。思いがけない二次使用料が入金されてると不労所得ぽくてうれしいのですが概して高くはないので、後者で原稿料が高い方が結局はトクかな？と思ったりもします。

クラウドソーシング受注では基本、納品時に著作権譲渡という形ですが、以下のような場合もあります。
○納品物を募集時に明記された以外の場所で使用される場合（ライターの場合なら、自社サイト用に作成した文章を商品パンフレットに流用される　など）
→最初の契約時に使用の可能性がある場所を確認して、「そこら中に使われてこの金額じゃ安い」と思ったら、別途縛りをつけた（使用条件）契約書を作ってもらうか、当初の契約金額を上げてもらうか、使用場所ごとに別件を立ててもらうよう交渉しています。

○納品物を先方が改変したりする可能性がある場合－これは著作権ではなく、著作者人格権関連
→著作権は譲渡によって移転できますが、著作者人格権（公表権、同一性保持権、氏名表示権など）は法律上譲渡できない権利ですので、ずっと著作者にあります。そのため、クライアント側から「著作者人格権を行使しない」という契約条項を含めた契約書の締結を求められることは結構多いです。
内容に納得できれば契約締結すればいいし、締結しなければ著作者人格権はいつでも行使できます。ただ著作者人格権については、著作物の種類や著作者の感覚による違いも大きいのでそれぞれのケースごとの判断になるでしょう。
わたしの場合なら、広告やオウンドメディアの記事作成では「行使しない」契約前提のことが多いし、署名（記名）記事なら著作者人格権は保持します。

一般的にCWやランサーズなどのクラウドソーシングサイトの規約では
「著作権27・28条の譲渡」←二次使用等OK
「著作者人格権の不行使」←改変等OK
…とセットになって明文化されてるのが普通ですが、これは以前から問題になっていて、現在の法解釈ではそもそも人格権の譲渡はできないという意見が一般的で、規約としての拘束力は極めて薄弱といわれています。
また同じく規約にある著作権27・28条の譲渡に関しても、二次使用を元著作権者の許可なく行うことは違反であるとの判例も出ております。

運営側としては「全譲渡」「不行使」にしておいた方があとあと面倒に巻き込まれないで便利…という考えがミエミエなんですが、事前にクライアントさんと「そういった場合には別料金が発生する」と話をつけておけば、そちらの方が「規約」より優先されるので、個別のクライアントごとに最初の時点で話し合っておいた方が良いと思います。

なお二次使用や改変の際のギャラや％の取り決めは、ジャンルによって、また契約によって様々です。