以前依頼した写真修正の仕事依頼の成果物を無断でポートフォリオとして利用されてしまっている件に関して

ひどい話ですね。当然取り下げてもらう権利（被害状況によっては賠償請求権）があります。
普通に著作権の条文を示して要求すれば良いかと。

サイト内のポートフォリオの場合はこのサイトの規約として
公開権利が規定されている可能性もありますが、
そうでない場合は外部サイトでのポートフォリオと同じ扱いです。
beforeは当然アウトでしょうし、afterは原型を残さないような加工なら
判断基準が変わることがありえますが、そうでなければアウトなのでは。
機密保持以前の問題だと思います。

補足。原型を残さないような加工といっても、納品物自体の著作権はクライアントに移ると規定されています。

事務局に連絡する旨を対象となっている発注者に連絡されてみてはいかがでしょうか？事務局サイドとしては、ポートフォリオをそういった使い方をされることは明らかに避けたい事項だと思いますので、対応はしてくれると思います。それを視野に入れて発注者に連絡をいれてみる格好ではどうでしょうか？私も発注側に回る可能性も十分に考えられますが、ポートフォリオを参考に受注者を決める可能性が大いに考えら得ます。ポートフォリオ自体の信頼性が低いとなるとそもそも発注側に回るべきかという話にもなります。ちょっと極論ですが。