交通費はシステム利用料の対象となりますでしょうか

交通費（サービスの購入費）をワーカーが立て替えるようなお取引は
クラウドワークスのサービスの対象外ですので。（そもそも立替金なるものは発生しないはずなので）
立替金であろうと、20％の仲介料を取られずにお金を受けるシステムは、クラウドワークスにはありません。
（なので、私はそういう仕事は受注しません。）

クラウドワークス利用規約　https://crowdworks.jp/pages/agreement.html
第19条 　禁止事項
(16) 報酬確定前に商品・サービス等の購入が必要な業務を依頼する行為、または業務を開始する行為。

＊＊＊＊＊
そういう仕事はお勧めできませんが、自己責任で受注されるなら、
立替金の回収は、自己責任で対処が必要です。

交通費も上乗せされたのものが「報酬」になりますから。
・交通費に20％を上乗せしもらうとか、
・交通費の20％を質問者様(ワーカー）の手取りから引くのか（それでもやるメリットのある仕事なのか？）
など、ご自身で考えて、
そこらへんもクライアントと自己責任で契約金額などを交渉する必要があります。