申告について

私ははじめから手数料が引かれた額が請負金額として申告してます。

(1)売上額を手数料込みで処理する場合：経費として支払手数料を申告
(2)売上額を手数料を差し引いて処理する場合：特に処理なしでそのままの金額を売上額として申告

どちらの方法を用いても、売上から経費を差し引いて計算される所得税額には変わりはないはずですが、申告時の手間を考えると手数料を差し引いて処理(2)した方が計算もラクかと思います。
発生する手数料等が記載されいてる契約書等が紙媒体もしくは電子的に保存されていれば問題ないことが多いはずです。（e文書法）
http://www.kantei.go.jp/jp/singi/it2/others/e-bunsyou.html

契約書通りに、ということでしたら、売上から支払手数料が発生していることを明示する(1)のがベターかと思います。

私は後で税務署に指摘されると面倒ですし、経費の把握という面から(1)で処理しています。