会計ソフトのサービス設計について

銀行はログインとワンパスがあるので自動取得は無理です。
下手のことをすると、不正アクセス防止法などに法律違反になります。
まして銀行側は許しません。

口座を貸している人などいますので、不正の温床になるものは排除されているという趣旨です。

口座情報は
それぞれで個別で手動で取得するか
銀行の子会社などから有料契約で口座情報の履歴データを取得することになります。
銀行から口座情報を許可される会社は要件が厳しいです。

なんでもかんでも、スクレイピングができるわけではありません。

銀行によっては、口座情報などをWebAPIなどで取得できるところもあるかもしれませんが、少なくとも日本の銀行はそういうところは少ないと思います。ネット銀行などでは対応するところも増えてきているとは思います。

既存のサービスで自動取得をしているところは、ID、PASSを登録し、その情報をもとにクローラーでログイン、データ取得しているものと思います。クローラー経由でアクセスすることが必ずしも不正アクセス防止法に抵触するわけではないと思おもいますが(もちろん過剰なアクセスなど非常識なことをするのはダメですが）、同じＩＰから複数のアカウントで大量にアクセスしているとなれば不正を疑われてブロックされる可能性はあると思います。
よって、取得先と事前に協議は必要かと思われますが、個人、中小企業レベルではまず相手にされないと思われますので、そういうサービスを行うのは実質難しいと思います。

多くの銀行では履歴情報をＣＳＶなどでダウンロードできるようなサービスがあるので、そういったものを手動でインポートできるような仕組みで作るしかないかと思います。