受発注、在庫管理システム　Amazon.com/ebay.com/独自サイト データ同期もしくはCSVファイル更新

>>> 中小企業向けの受発注、在庫管理システムを実現させるためには、
>>> Filemakerが適当かと考えていますが、どうでしょうか？？

要望からだと「File Maker "Server"」が良いと思います。

Amazonやe-bayなどのAPIを利用する場合は.NETよりPHP7やJAVAの方が良いでしょう。
FileMaker ServerはPHPやJAVAに対応していますのでPHP7で実装するのが良いと思います。

財務管理に関しては、フリーソフトで対応できると思いますのであえてオーダーメイドで
依頼する必要はないと思います。

従業員管理と言うのが何をさしているのか？　わかりませんが！
給与・賞与等の管理をさしているのであればパッケージソフトを利用するほうが安上がりです。

>>> ebay/amazon.comの管理システムからCSVファイルを抜き出し、
>>> データベースにインポート機能を持たせることことが重要になります。

CSV Fileにせず、APIを経由して直接 FileMaker Serverに登録させれば良いと思います。

>>> リソース、プロジェクト管理

RedMineを利用するかMS Projectで管理してください。
オーダーメイドで発注する必要はありません。

>>> 販売管理、仕入管理、在庫管理

要求からはFile Maker Serverを利用したオーダーメイドが良いでしょう。
FileMaker ServerはWindows ServerかMacintoshに実装できます。
自社内に実装するならどちらかを用意する必要があります。

Windows Serverの場合、HPなどがServer製品では有名でサポートも充実している気がします。
Macintoshの場合、Server機として利用するのであればMac Proがお勧めです。

「個人的な意見」としてはWindows Server機にFileMaker Serverをインストールする方をお勧めします。
理由はODBCが利用できる！　ので「.NETを利用する事も可能」な事と給与管理などのパッケージソフト
はWindows Serverの方が多く揃っています。

FileMaker Serverを提供するレンタルサーバー業者も多くありますが・・・・・
給与管理など色々要求されているのでServer機を自前で構築するほうが良いかもしれません。
良く検討された方が良いでしょう。

会計系はオンラインソフトは弥生会計がお勧めです。
https://www.yayoi-kk.co.jp/products/account-ol/

給与・賞与関係も取り扱っています（初年度は無料）
https://www.yayoi-kk.co.jp/products/payroll/index.html

プロジェクト管理等は製品版なら上文通りマイクロソフト　プロジェクトがあります。
Windows Serverを利用されるのであれば、これを利用する事ができます。
https://www.microsoft.com/ja-jp/project

Macintoshなどを利用する場合はRedmineを利用する事ができるでしょう
http://redmine.jp/

残りはオーダーメイドで依頼する事になると思います。
個人的な見解ですが！　希望予算の「10万〜20万」では難しいでしょう。

まぁ、アルバイト・副業などの人も参加していますので「見積希望」で公募してみると良いでしょう。
その予算で対応してくれる人がいれば入札してくれると思います。

ここはアルバイトから企業まで参加していますので見積には開きがあります。
低価格なだけでなく、業務実績・過去の業務評価など多角的に検討されて後悔しないように
依頼先を選別・決定されると良いでしょう。

補足しますが・・・「受注者」の質問になってますよ。
「発注者」で今後質問されたほうが良いと思います。