報酬を受けとったのですが、会計時どう処理したらよいのかわかりません(;_;)

詳しくないので、回答は躊躇しておりましたが……
青色申告（65万円控除）のためには「発生主義で帳簿付けをする必要があります」ですよね。
青色申告をなさるのであれば、以下のサイトなどがご参考にるかと。。。

>売上高の計上基準（収益の認識基準）について
http://biz-owner.net/choubo/kijun

>個人事業で使う必要経費の種類と用例の一覧
http://biz-owner.net/keihi/
>青色申告で提出する青色申告決算書の経費欄には、あらかじめ空白が用意されています。 この空白に、自分で作った勘定科目を記入できるようになっています。
↑
私は、クラウドワークスの手数料（利用料）は「支払手数料」で経費として計上しています。

>個人事業の開業から確定申告まで | 個人事業主メモ
http://biz-owner.net/

>未出金金額
>カッコ内は、手数料を含むクライアントが支払った総額

>報酬確定の際の金額は、カッコ内の金額を帳簿に記入したらよいのでしょうか？カッコは含めなくても大丈夫なのでしょうか。

私は報酬確定時に、(　)内の「手数料を含むクライアントが支払った総額」を、売上高として計上し、同時にシステム利用料を「支払手数料」として計上しています。

（例）○月○日　売掛金　クラウドワークス　○○○○円　/　売上高　○○○○円　摘要欄に案件名（区別・備忘用に記入）
　　　○月〇日　支払手数料　クラウドワークス　○○○○円　/　売掛金　クラウドワークス　○○○○円　摘要欄にクラウドワークスシステム利用料

振込手数料については、「雑費」でも「支払手数料」でもご都合のよい方でよろしいかと。。。

初めての時に、税務署の方から記帳指導に来ていただきましたが、やり方は複数ある（というか、考え方の違いもある）ようで・・・具体的な記帳のしかたは、実情に合わせて実際に記帳指導していただくのが一番良いのではないかと思いますが。。。

一度 お近くの税務署でご相談になってみることをお勧めいたします。