報酬について

受注者への支払いを、まとめた場合は、報酬が複数あっても、銀行振込手数料が１回分になります。

クラウドワークスの手数料と、銀行振込手数料を合わせたものが、報酬から差し引かれますので

>クライアントさんからの支払いが、￥1,404の場合、受注者（私）への支払いは、クラウドワークスさんの手数料を引かれると￥６２4の振込額になってしまうのでしょうか？

と仰っているのは、計算は合っています。ただし、この場合のクラウドワークスの手数料は280円（税込み報酬の20％）で、残りの500円は、銀行振込手数料だと思います。（楽天銀行税込み100円・他行税込み500円）

>クライアントさんの、元の契約は、１記事￥１，３００です。

とのことですのが、1,300円に消費税8％が上乗せされた1,404円を、クライアント様が支払います。その金額に対してクラウドワークスの手数料が掛かります。（報酬金額が10万円以下の場合は20％）
そこから更に、銀行に振り込んでもらうときに手数料が掛かります。（楽天銀行税込み100円・他行税込み500円）

shiasaさんがおっしゃるように、まとめた場合は、報酬が複数あっても、銀行振込手数料が１回分で済みます。

銀行振込手数料が100円で済む楽天銀行の口座をおつくりになれるようであれば、負担は少し減るかと思います。

https://crowdworks.secure.force.com/faq/articles/FAQ/10213/?l=ja&url=10213


50000以上になるまで振り込まないようにできる設定があります。細かい案件だと満たすまで時間がかかりますが、
振込手数料は回数が多いとその分もったいないですよね。