発注者が個人アカウントの場合の源泉徴収について

 : すぐ知りたい！

発注者となる研究者（従業員）が個人アカウント（≠法人アカウント）を用いて取引を行い、法人所管の研究費にて当該委託費用の支払いを行う場合について質問があります。

発注者は法人格ではないため、当該発注者自身は源泉徴収義務者には該当しません。
発注者は、所属機関で管理している研究費を使って取引を行うことになりますが、発注者が一時的に支払を立て替え、所属機関にその取引で生じた金額の立替払いの申請を行う流れとなります（勿論、金銭の流れを意識して源泉徴収後の差額を支払う）。
取引自体の流れを見ると、発注者とワーカーとの取引であって、所属機関は一切絡んでおりません。

所属機関のアカウントによる取引であれば、源泉徴収義務を所属機関が担うことは可能となりますが、発注者（＝個人アカウント）で源泉徴収ありの取引を行ったとしても、所属機関の取引とはみなせないため、所属機関が源泉徴収義務を果たせなくなってしまうこと懸念しています（研究費を用いた業務依頼であるので、望ましいのは、源泉徴収を行いたいのですが）。

このように所属機関アカウントではない、発注者の個人アカウントを使用して、源泉徴収を行いたい場合に、上述のような問題が起こるように思いますが、他の企業様、研究機関様では、個人アカウントで源泉徴収の対応を行う場合、どのように対処されているのでしょうか？

個人アカウントの取引であっても、証憑やお金の流れから所属機関の取引とみなし、発注者が立て替えた領収書(源泉あり)でもって、大学が発注者に対して立替えたお金を支払つつ、領収書の情報をもって、支払調書を作成するといった流れでも問題ないものでしょうか？