iPhoneアプリ開発を請け負った場合の依頼者へ完成したアプリを渡す方法を教えてください。

あべゆーさん、はじめまして。

なにも難しいことはありません。
納品物はクラウドワークスにかぎらず、サイト上のメッセージにて納品します。
（クラウドワークスだと納品ボタンが表示されます）

別の方法でも送付するかどうかはクライアント様にもよりますが、
「クラウドワークス（他サイトでも）上での納品処理は必須」です。
他の方法でも送付してほしい、など要望された場合でも、まずはサイト上で納品処理を行った後、指定された方法で納品すればOKです。

>広告を載せる際の広告会社の管理画面のログインID等は一時的に共有するのか？
どうしても共有が必要な場合は、クライアント様のIDを使いましょう。事前にその必要があることを説明しておくことは必須です。

>xcode上で画像が有りません(赤文字になる)とならないか？
プロジェクトに組み込む画像はプロジェクト内に入れておきましょう。（ImageSetやサブディレクトリなど）
よほど特殊なプロジェクト構造でなければ、プロジェクトのトップフォルダを圧縮すればそのような問題はおきないでしょう。
只、OpenCVのように外部ライブラリを利用する場合、パスが外部に依存する場合は別途注意が必要です。

いずれにしても、「プロジェクトに関連するものはプロジェクト内で管理する」ようにしていれば、
基本的にはフォルダごと圧縮して納品処理行えば問題ありません。

ご参考までに。