タイムカードを使用していませんでした

まずはクライアント様に相談しましょう。
2週間分の成果物はあると思うので、それを元にかかった時間を証明すれば良いかと思います。
クライアント様とあなたで合意が取れれば、クラウドワークス側に相談して、過去2週間分の記録をつけてもらいましょう。
クラウドワークス側でそれが不可であれば、クライアント様と協議し、2週間分の作業期間を伸ばすなりして調整すれば良いかと思います。

不安かと思いますが、クライアント様はビジネスパートナーです。
ここで相談するよりもまずはクライアント様に相談したほうが、適切なアドバイスを受けられると思います。

ご参考になれば幸いです。

タイムカードですが、その週の分であれば手動で入力や修正できる機能があったと思いますよ。
http://crowdworks.force.com/faq/articles/FAQ/10230/?q=%E3%82%BF%E3%82%A4%E3%83%A0%E3%82%AB%E3%83%BC%E3%83%89&l=ja&fs=Search&pn=1&id=kA010000000UKDC&url=10230

以前、もう少し詳しい（サンプル画像つきの）ヘルプがあったのですが今ちょっと見つけられませんでした。
□タイムカードを修正（kaoridama様）
↓
□修正内容の承認、または数日経過すると自動承認（クライアント様）
↓
□報酬の確定、
といった流れだったと思います。

また、クラウドワークスのサポートも親切に対応してくれますので、
事情を説明すれば、消費されなかった仮払い分を今週以降に繰り越すような手続きをしてくださるかもしれません。
（クラウドワークスからクライアントへ、
「ワーカーから○○という変更の依頼が来ていますが、間違いないですか？」といった確認が行くようです。）
その場合もkaoridama様からクライアント様に、修正依頼の経緯や勤務実績のご説明はされた方がよいと思います。

記憶があいまいで申し訳ありません。
よほどひどいお相手でなければ、水の泡ということはないと思います。
お仕事が認められるといいですね。

水の泡になることはないと思います。まずは仕事をうけた会社の方に話をしてお互いにいい方法をみつける事が大切ですね。あきらめず相談してみて下さい。