収入について

あります。
「副業　ばれる」などで検索してみてください。

ばっちりわかります。そのためのマイナンバーですから。

本業先に許可を申請することになります。

副業がバレる事を気にされているという事は、本業の就業規則で禁止されているということでしょうか？

通常、就業規則の殆どはダブルワークが発覚した場合、会社の判断で懲戒処分が出来ると書いてある会社が多いと思われます。
しかし、会社によっては、本業に差し支えない程度の副業（自営業など）は条件に当てはまらない場合もあります。

私が以前勤めていた会社の就業規則では、「他の会社に雇用されること」について、懲戒処分の対象になっていましたが、時間的な拘束がない自営業については規定がありませんでした。

つまり、本業の方の就業規則に特段副業の全面的な禁止などの明記がなければ、就業規則に抵触しない副業は可能かと思われます。ですから、まずは本業の就業規則を確認してみることをオススメします。

マイナンバー化で今後どうなるかわかりません。
よくネットにある、副業がばれない方法というのは全部あてにならないと考えたほうが良いと思います。