入金について

御社の会社事情はよく存じ上げないので、一概には言えませんが・・・・。

「予算取り」はどのようになさられているのでしょうか？
年度予算などを事業計画に合わせて、申請されるのではないのでしょうか？
都度、申請をして小出しに支払われるようなイメージでしょうか？

年度予算や期の予算で予算取りをされるのであれば！　
その予算を口座にストックしておけばよろしいのではないでしょうか？

後は、予算の範囲内であれば必要に応じて口座から振込先へ入れると良いと思います。
当然ですが振込みが行われますと、通帳に明記されますから。
発注内容と記載された通帳があれば内訳を報告する事も可能ではないのでしょうか？

例えば、
開発予算としていくら。　運用維持費として月々いくら。　と計算して予算取りをされて
それを申請されればよろしいかと思います。

業務プロジェクト用の口座を作ってもらうのも１つの手だと思いますが。
プロジェクト用の口座、もしくは担当部署の口座を用意されておけば、予算申請が通過した時点で口座に振り込んでもらえば都度申請も必要ないと思います。

もちろんクレジットカードも関係ありません。

それは会社での予算取りをどのようにやって、どのように利用されるのか？
などの問題のような気がいたします。

会社で予算取りとプロジェクトの運用ルールを検討される方がよろしいのではないでしょうか？

CWコンシェルジュに問い合わせてみると良いと思います。
https://crowdworks.jp/concierge?ref=from_consultation

もし、駄目なら電子マネーに変換されてストックされるとか、ネットバンキングに預けてしまうのも手ではないでしょうか。
デポジットでなくても承認されたものをまとめて預けておけると思うのですがいかがでしょう。

高額案件を1度入れてキャンセルすればいいです。

回答になっていない回答になるかと思いますがコメント致します（すいません）。
御社が特別という事はなく、何かの支払いが発生する場合には都度「見積」「請求」「納品」が発生するのが普通と思います。
クレジットカード決済もかなり厳しいです。
正直、中間になにかの会社を挟まないと難しいような気がします。
おつきあいのある会社で、お互いに信頼関係があり、かつクラウドワークに理解がある前提となってしまいますが、
そちらに通常の運用で発注を行い、支払を代理で行ってもらうしかないような気がします。
もちろん若干の手数料は発生してしまうと思いますが。

なんらかの形で（電子マネーなど）、自分の管理している口座に資金をプールしてしまうと、不正とみなされてしまうリスクがあるように思います。

一般企業でクラウドワークスを使う場合に、そのような支払取りまとめみたいなビジネスも成立するかもしれませんね。
普段でも、多少は高いけど既に口座がある会社を使ってしまうケースはありますしね。