確定申告について、システム利用料はどう扱えばいいのか？

\35,000円は売上額
システム利用金額は諸経費
差額が純売上
で記載しておけば良いと思います。

仮入金が確定した段階で掛売の売上金額が\35,000
入金時の入金額が\28,000
諸経費（システム利用料）が\7,000
としておけば、辻褄はあいます。

簿記の入門書などが、販売されていますから
それを一読されることをお勧めします。

ご自身で対応が難しいのであれば、フリーの会計サイトなど
をご利用にされる方がよいでしょう。

あくまで、ここの回答者は会計士ではないですから
なんでも回答できるとはかぎりません。

補足すれば、入力する科目に関しては参考書籍などでだいたい書いてます。
それがわかればフリーの会計ソフトでデータを入力しておけば適切に仕分けしてくれます。

会計ソフトで必要なデータの入力が完了しているなら「確定申告」の処理をすれば
必要なデータは自動生成してくれます。

それをe-taxにするか、プリンターで出力して役所に届ければおしまいです。

基本的にここは「自営」スタイルですから、事務的な事は自分でできる前提です。
雇用主がいて、雇用主（雇用している会社）が事務手続きをするわけではありません。

自分で処理するのが、難しければ「経理士」に依託する方法もありますが
よほどの売上がなければ、採算にあわないと思いますので。
簿記の参考書籍を読んで自力でやるか。
それが難しいのであれば、仕事のやり方を見直すのをお勧めします。

あっ、白色申告だから、諸経費の計上も仮入金が確定した時になります。

税務署に相談すれば、多分「経理士」を紹介してくれるだけです。
で、経理士は対応を求めれば、そこそこ高額な手数料を要求するでしょう。
直接、経理士に依頼しても同様です。

簡単な相談なら、フリーの公開質問（経理士サイト）を利用するか
「会計ソフト・・・サポート付」（有料）を契約してサポートを受けるのが
安上がりでしょう。（経理士に依頼するよりは！）

会計ソフトを利用すれば、必要最低限の事は全部自動でやってくれますが
それすら使い方がわからない（使えない）レベルであれば
自分で申告しなくてよい「雇用契約」のアルバイトや企業に就職される方が良いでしょう。

経理士は安くないので、微収入であれば「赤字」になるだけで、何も得る物はないです。