.ai形式データ。レイヤーは１つにまとめるべき？初めての納品の悩み

クライアントによりけりなので、クライアントに聞くべきです。
中には、AI形式って何っていうようなクライアントもいます。
バカみたいに安い案件の場合、流用できないように、あえて使いにくい形（レイヤをまとめたり、JPEGなどで納品したり）するワーカーもいるでしょう。
ケースバイケースだと思います。

聞くのが面倒ならとりあえず両方入れておけばいいのでは？

以前経験したことですが、看板や車両などに大きく使う場合に備えて単にベクターデータも欲しいだけというクライアントさんもいました。
そのときは最初web用にpsdで納品していたのですが、あとからその依頼にあわせてベクターにトレースしたのを送りましたが、レイヤーに関してはどうでもよかったみたいでした。ひたすら「拡大しても大丈夫なのを」というのだけが要望で、そういうクライアントさんもいますから聞いてみるのが一番手っ取り早いと思います。

結論から言うと、レイヤーはまとめなくていいです。

aiデータのいいところは、あとで発注者がイラレで編集できるところなので
著作権が発注者に譲与されてしまうため、
顔とか色とか雰囲気が変わっても何も発言できる権利がありません。

せっかく考えたマスコットキャラクターを、発注者が編集できにくくするなら
レイヤーをまとめたデータでいいのではないでしょうか。