納期が過ぎた後の納品について

クライアントと話し合ってください・・・としか言いようがないのですが、仮払いが済んでいるならば特に問題はないのではと思います。

とりあえず、契約の内容の納品をした後に、クラウドワークスのシステムから納品完了の処理を行います。
相手が検収してくれればそれで支払われますし、相手が何もしなければ、一定期間後に自動的に検収が完了したことになって支払われるはずです。

現在契約中の仕事で納品が遅れてしまったのですが、
クライアントさんから納期が過ぎていますが納品していただけるなら全額払いますという
言葉を頂きました。(時期としては3月初頭になります)

そのメッセージに対してこちらは返事で提出したい旨を伝え、
3月下旬から数記事ずつ納品を行い先日完納致しました。

3月上旬～3月下旬という時期感覚が個人的に理解しかねますが・・・
それでも依頼者がOKといっているのであれば、報酬は支払っていただけると思いますけど

納品完了報告をすれば、いやでも返事が来ると思います
来なければ、一定期間後に自動的に報酬が支払われると思います

リクエストも来ていないとのことですので、「検収中」と判断するしかありません。
「検収状況はどのようになっているでしょうか」
「納品はご確認いただけていますでしょうか」
といったメッセージを送り続け、それでも無反応ならば運営に間に入ってもらうことをお勧めします。

いずれにしても、

>納品完了報告をすれば、いやでも返事が来ると思います
>来なければ、一定期間後に自動的に報酬が支払われると思います

これは誤りです。クライアントが「検収合格」にしなければ、報酬が支払われることはありません。

一応規約の第9条1項3号では、
「(3) 本取引の内容として、メンバーがクライアントに対し成果物を納品することを合意内容とした場合、メンバーは当該成果物を定められた期限までにクライアントに納品するものとし、クライアントは納品された成果物を検収し、メンバーに対して検収結果（合格・不合格）を通知する義務を負うものとします。成果物の納品後、1週間以内に、クライアントが検収結果を合理的な理由なく報告しない場合、当該成果物の検収の結果は、クライアントによって合格とされたものとみなします。」

となっていますので、「1週間以内に報告しない場合は自動的に検収合格」と解釈されがちですが、
少なくとも1週間後に自動的に支払われるということにはありません。
実際、検収後に1週間以上たってしまったクライアントとやっと連絡がつき、
2、3週間後に検収・支払いを受けた経験もあります。
連絡が来ない理由はケース・バイ・ケースなので、こちらであれこれ推測しても仕方ないのですが、
きちんと聞いてみると、案外いたし方ない理由のご説明を受けられる場合もあります。