仮払い後の契約金額変更について

 : すぐ知りたい！

今回、クラウドワークス経由で、エクセルのマクロを作ったフォーマットを依頼しました。

当初の契約金額は、１万円でした。それで、1万円の仮払いの依頼がきたので、1万円支払いました。

その後に、修正が色々あり、追加位で５０００円の追加費用が発生する事になりました。
それに、当社は、合意して、もう一度、仮払いの処理を、ワーカー側でやってもらいました。

それで、再度、クラウドワークスの仮払い処理から払おうとした所、請求書の金額、15,000円と
表示されてしまいます。

でも、1万円は、すでに払っているので、今回は、追加の５０００円だけを払えば済むと思われます。

それを、ワーカーに伝えた所、クラウドワークスの処理上、どうしてもそうなってしまう　との事です。
請求書には、どこにも、「すでに、１万円は、支払い済です。」とは、表示されていません。

この場合、どうすればいいですか？　５０００円だけ払えば、決済済となりますか？
なぜ、こんなややこしいシステムなのですか？