発注金額について

ここの取引は「発注者ガイド」及び「受注者ガイド」に定められている通りです。
https://crowdworks.jp/pages/guides/employer/task

また、このシステムを利用する人は全て「利用規約」に同意した事になります。

利用規約
https://crowdworks.jp/pages/agreement.html

>>> 約2,000件のリスト作成頂きましたが、検収終了後に20円/件ではなかったかと確認の>>> 問い合わせがありました。
>>> どのように対応したらよろしいでしょうか。

どうする？　もこうする？も無いと思いますが！
上記2つで定めているガイドライン通りにすれば良いだけだと思います。

最初の取り決めで抜出件数の上限は決めてらっしゃいましたか？

案件を拝見しますと1件20円、上限の設定は無しと読みました。
初期の契約状態では10000円での契約ですので抜出件数は最低500件分の金額ということになります。

合意の時に上限件数設定なしで契約した場合⇒大抵のケースでは抜き出した件数次第で報酬は増減。という事は2000件×20円ですので40000円になると思います。
※条件変更や検収後であれば不足分の30000円を追加払いで対応ができます。

しかし、500件と上限を決めていたのにワーカーが勝手に2000件抜き出したのであれば…
最初にきちんと決めていたので報酬は支払しない、ということになりますね（残念ですがワーカー側の確認ミスですから無報酬は仕方ありません）

上限について話を双方でしていない（想定外の件数だった）というのであれば話し合いでの解決しかないと思います。

仮払いが10000円で合意したのであれば10000円の契約ということになります。

しかしながら、納品件数を確認しないのはクライアント/ワーカー双方ともミスです。
ワーカー側は念のために多数納品して500件検収されるようにしたのかもしれません。
どのような交渉をして合意したか、あるいは契約後どのようなやりとりをしたかによると思います。

条件を曖昧にしたままの契約であれば詐欺だと思われるのも仕方ありません。
500件以上必要だったのであれば、必要な数だけ追加支払いで合意できるかどうかを
ワーカーと相談するのもワーカー側の疑問を解消する一つの方法だと思われます。

契約に同意するとき作業の量と報酬は確定すべきです。